本公司的前身是上海海興輪船股份有限公司（以下簡稱為“海興輪船”），是華東地區(qū)最大的煤炭、原油水路運(yùn)輸商。海興輪船是國務(wù)院證券委員會確定的第二批境外上市試點(diǎn)企業(yè)，由上海海運(yùn)獨(dú)家發(fā)起設(shè)立。海興輪船成立時的總股本為14億元，于1994年11月1日公開發(fā)行108,000萬股 H 股，并于 1994年11月11日在香港聯(lián)交所上市。
1997年7月1日，為加快航運(yùn)企業(yè)的經(jīng)營機(jī)制轉(zhuǎn)換，實(shí)現(xiàn)沿海運(yùn)力的合理化配置，中國海運(yùn)集團(tuán)在上海正式成立。中國海運(yùn)（集團(tuán)）總公司作為其核心企業(yè)，全資持有上海海運(yùn)、廣州海運(yùn)和大連海運(yùn)的全部股份。1997年7月18日，中國海運(yùn)（集團(tuán)）總公司通過協(xié)議轉(zhuǎn)讓方式，從上海海運(yùn)接收了海興輪船 14 億國有法人股的股權(quán)，成為海興輪船的控股股東。1997年12 月，上海海興輪船股份有限公司更名為中海發(fā)展股份有限公司（即本公司）。 
1998年2月和同年5月， 為適應(yīng)國際國內(nèi)航運(yùn)市場變化的需要，本公司按照“集中經(jīng)營、分級管理”的原則，先后組建了油輪公司和貨輪公司。同時，按照專業(yè)化經(jīng)營的要求，本公司通過管理協(xié)議方式，統(tǒng)一管理和經(jīng)營中國海運(yùn)（集團(tuán)）總公司下屬大連海運(yùn)及廣州海運(yùn)擁有的所有油輪和干散貨輪。1998年3月，通過增發(fā) H 股及向法人控股股東配售5.96億股新股，本公司從大連海運(yùn)及廣州海運(yùn)收購了19艘油輪。 
2002年5月，本公司增發(fā)社會公眾股(A股)新股3.5億股，增發(fā)后本公司總股本33.26億股，其中，境內(nèi)國有法人股16.8億股，境外上市外資股(H股)12.96億股, 境內(nèi)社會公眾股(其他A股)3.5億股。 
2005年12月，本公司實(shí)施股權(quán)分置改革，股權(quán)分置改革方案執(zhí)行后，本公司總股本不變，仍為33.26億股，其中境內(nèi)上市內(nèi)資股（A股）20.3億股，占公司已發(fā)行的普通股總數(shù)的61.03%；境外上市外資股（H股）12.96億股，占公司已發(fā)行的普通股總數(shù)38.97%。 
2007年7月，本公司向在A股市場公開發(fā)行20億元人民幣可轉(zhuǎn)換公司債券，全部可轉(zhuǎn)換公司債券的轉(zhuǎn)股及贖回程序已于2008年4月結(jié)束，本公司股份因此發(fā)生變動。本公司總股本增加至3,404,552,270股，其中境內(nèi)上市內(nèi)資股（A股）2,108,552,270股，占公司已發(fā)行的普通股總數(shù)的61.93%；境外上市外資股1,296,000,000股，占公司已發(fā)行的普通股總數(shù)的38.07%。